股东向公司提供的借款若超过一年未归还，需首先明确其法律性质与协议内容，并关注可能引发的个人所得税视同分红风险。处理方式包括协商补充协议、规划还款或延期，以及规范公司内部的财务记录与核算流程，以避免法律与税务纠纷。