发票纠纷可通过协商、税务投诉或诉讼解决。在证据不足的情况下，维权路径包括补充收集间接证据、申请第三方调解或提起诉讼并请求法院调查取证。处理过程需注意诉讼时效及潜在的税务调整与信用影响。