当走私案件货主逃跑时，执法部门会启动侦查程序、依法处置查获货物、发布通缉令并追究相关责任。案件不会因货主未到案而终止，后续法律程序将依据证据继续进行。

针对涉案金额45万元的生产假药行为，其量刑起点为三年以下有期徒刑或拘役并处罚金。若构成其他严重情节，刑期将升至三年以上十年以下。若致人死亡或情节特别严重，最高可判处无期徒刑或死刑。量刑需综合假药性质、危害后果及行为人悔罪表现等因素。